书目详细信息
： 基于深度测序探究侵染花叶青木的病毒种类
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 基于深度测序探究侵染花叶青木的病毒种类/.梁海文著/.赵雁，李凡指导 |
| 出版发行项： | 2023.5.30 |
| 载体形态项： | 60页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 园林园艺学院, 学号2020210202 |
| 提要文摘： | 花叶青木（Aucuba japonica var. variegata）为丝缨花科（Garryaceae）桃叶珊瑚属（Aucuba）的常绿灌木，其叶片“色彩斑斓”的表型与植物病毒侵染引起的症状极为相似。本研究利用深度测序和RT-PCR技术对采自云南省昆明市和海南省海口市的花叶青木样品进行病毒检测鉴定，对获取的病毒进行全基因组或部分基因序列分析。研究结果为探究彩叶植物的叶片表型与病毒侵染的相互关系，以及彩叶观赏植物的品种选育等提供参考。主要结果如下： 在花叶青木上发现蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2, BBWV2）、菜豆黄花叶病毒（Bean yellow mosaic virus, BYMV）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）、豌豆耳突花叶病毒2号（Pea enation mosaic virus 2, PEMV-2）、番茄黄斑驳伴随病毒（Tomato yellow mottle-associated virus, TYMaV）5种已知病毒，以及双分病毒科（Partitiviridae）丁型双分病毒属（Deltapartitivirus）2种新成员和番茄丛矮病科（Tombusviridae）黄症病毒属（Luteovirus）1种新成员，暂时命名为青木潜隐病毒1号（aucuba cryptic virus 1, AuCV1）、青木潜隐病毒2号（aucuba cryptic virus 2, AuCV2）和青木黄症病毒1号（aucuba luteovirus 1, AuLV1）。 AuCV1和AuCV2基因组均包含3条RNA链，AuCV1的三条RNA分别长1703 nt（RNA1）、1523 nt（RNA2）和1505 nt （RNA3），分别编码病毒的RdRp（477 aa）、CP（344 aa）和mCP（344 aa）；AuCV2的3条RNA链分别包含1712 nt（ RNA1）、1507 nt（ RNA2）和1498 nt（ RNA3），分别编码476 aa 的RdRp、344 aa的 CP和372 aa的 mCP。AuCV1和AuCV2分别在RNA1、RNA2和RNA3之间显示了63.2%、49.7%和49.5%的核苷酸序列一致性，63.5%、38.6%和40.6%的氨基酸序列一致性，以及与丁型双分病毒属其他成员的核苷酸序列一致性最高，分别为78.9%%、59.6%、60.3%，氨基酸序列一致性最高，分别为78.7%、57.3%和63.4%。基于丁型双分病毒属的RdRp基因序列构建系统发育树分析也显示AuCV1和AuCV2均与双分病毒科中丁型双分病毒属病毒成员聚在一起。根据ICTV报告中丁型双分病毒属内新种划分标准，AuCV1和AuCV2均应为丁型双分病毒属的新成员，且二者为两种不同的病毒，根据ICTV最新的病毒双名法命名规则，提议将花叶青木上发现的这2种新病毒命名为Deltapartitivirus aucubae、Deltapartitivirus yunanense。 AuLV1为单分体基因组，全长5594 nt，共编码7个开放阅框（ORF），5’端和3’端的非编码区分别为124 nt和282 nt，与黄症病毒属其他成员分别显示了45.2%~50.8%的核苷酸序列一致性，30.5%~50.8%的氨基酸序列一致性，编码的7个ORF显示了与黄症病毒属其他成员各个ORF 具有44.8%~57.6%的氨基酸序列一致性。基于AuLV1和黄症病毒成员RdRp构建系统发育树，表明AuLV1与黄症病毒属其他成员聚在同一分枝，根据ICTV报告中黄症病毒属内新种的划分标准，AuLV1应为黄症病毒属的新成员，根据ICTV最新的病毒双名法命名规则，提议将花叶青木上发现的这种新病毒命名为Luteovirus aucubae。 侵染云南和海南花叶青木样品的8种病毒中，AuCV2和AuLV1为花叶青木样品中的优势病毒，BBWV2、TYMaV和AuCV1次之，并且上述8种病毒在云南的花叶青木样品中均能检测到，而海南的花叶青木样品仅能检测到BBWV2、TYMaV、AuCV2和AuLV1。73份花叶青木样品中病毒的复合侵染包含两种病毒、三种病毒和四种病毒复合侵染，以两种病毒复合侵染为主，四种病毒复合侵染仅在云南的样品中发生。本研究中病毒侵染花叶青木为首次报道，首次发现花叶青木为BBWV2、BYMV、CMV、PEMV-2、TYMaV、AuCV1、AuCV2及AuLV1的自然寄主。 对BBWV2、BYMV、CMV、PEMV-2、TYMaV五种花叶青木分离物与来自其他寄主植物相关病毒分离物进行分子变异分析显示：BBWV2云南与海南花叶青木分离物的small cp基因核苷酸序列具有较大差异；BYMV和CMV云南花叶青木分离物的cp序列及PEMV-2云南花叶青木分离物的RdRp核心区域序列与GenBank中相应病毒的核苷酸序列均具有较大差异；TYMaV云南与海南花叶青木分离物的RdRp基因核苷酸序列差异不大，但与其它TYMaV分离物相应区域的核苷酸序列均具有明显差异。系统发育树显示BBWV2云南和海南花叶青木分离物分别属于不同亚组；BYMV云南花叶青木分离物与伊朗和伊拉克蚕豆分离物的亲缘关系较近；CMV云南花叶青木分离物属于I组中的IB亚组，但与IB亚组其他成员的亲缘关系较远；PEMV-2云南花叶青木分离物与云南豌豆分离物亲缘关系最近并聚为一组；TYMaV云南与海南花叶青木分离物均与广东龙葵分离物聚在一起，亲缘关系较近。BBWV2、BYMV、CMV、PEMV-2和TYMaV花叶青木分离物与来自其他植物的相关病毒分离物存在较大的分子变异。 |
| 并列题名： | Deep Sequencing Analysis of Viruses Infecting Aucuba japonica var. variegata |
| 题名主题： | 花叶青木 深度测序 病毒种类鉴定 青木潜隐病毒1号 青木潜隐病毒2号 青木黄症病毒1号 学位论文 |
| 中图分类： | S687.2-533 |
| 个人名称等同： | 梁海文 著 |
| 个人名称次要： | 赵雁 指导 |
| 个人名称次要： | 李凡 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240301 |