书目详细信息
： 基于比较转录组学策略的撒坝猪肉质关键调控分子鉴定
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY40.00 (估)缴送 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 基于比较转录组学策略的撒坝猪肉质关键调控分子鉴定/.胡伟著/.鲁绍雄指导 |
| 出版发行项： | 2020.06 |
| 载体形态项： | 121页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物科学技术学院 |
| 提要文摘： | 撒坝猪是云南地方优良猪种，肉质优良等特性突出，是发展优质特色养猪业不可或缺的宝贵资源。开展撒坝猪肉质特性形成的分子基础研究，对该品种的科学保护与利用，进而促进云南养猪业的发展具有重要意义。前期，本课题组已对撒坝猪肉质性状的分子遗传机制开展了部分研究，获得了一些有价值的基因组遗传信息，但关于肉质形成的分子调控机制仍不清楚。鉴于此，本研究在对撒坝猪肉质特性进行再评价基础上，利用基于二代测序技术的全转录组测序方法，对90~100 kg体重的3头撒坝猪和3头大白猪背最长肌组织转录组进行了系统比较分析，开展了撒坝猪肉质形成的关键调控因子及关键基因鉴定，以探讨其肉质形成可能的分子调控机制，为撒坝猪的优化选育利用提供科学依据。主要研究结果如下： （1）重新测定和评价了撒坝猪肌肉品质。对撒坝猪和大白猪10个肉质性状的比较分析结果显示，撒坝猪背最长肌大理石纹评分（4.00分）、肌内脂肪含量（5.76%）、肌纤维密度（434.20根/mm2）显著高于大白猪（P＜0.05），失水率（13.45%）、滴水损失（1.47%）、肌纤维直径（47.38 μm）和肌纤维面积（1600.68 μm2）显著低于大白猪（P＜0.05）。撒坝猪肉品质总体上显著优于大白猪。 （2）基于sRNA-seq鉴定了撒坝猪肉质形成的关键miRNA。对撒坝猪和大白猪背最长肌组织sRNA-seq数据分析结果，共获得383个miRNAs（包括343个已注释的miRNAs和40个新鉴定的miRNAs），其中以miR-1、miR-206、miR-378等表达水平最高。通过两个品种比较分析，共识别31个差异表达的miRNAs，其中11个miRNAs（miR-204、miR-451、miR-146a、miR-1307、miR-1343、let-7e、miR-140、miR-139、miR-151、let-7d、miR-24-1）在撒坝猪中表达上调、20个miRNAs（miR-10383、miR-136、novel-71、miR-362、miR-758、miR-127、miR-500、miR-382、miR-374a、miR-27b、miR-874、miR-660、miR-493、novel-250、miR-142、miR-323、miR-432、miR-221、miR-652、miR-299）在撒坝猪中表达下调。靶基因分析结果显示，31个差异miRNAs共预测到2701个靶基因，其中miR-1343、miR-1307、miR-874分别有2542个、710个、269个靶基因。这些靶基因主要富集于Ca2+信号通路（calcium signaling pathway）、氨基酸的生物合成与代谢（biosynthesis and metabolism of amino acids）、MAPK信号通路（MAPK signaling pathway）、糖酵解/糖异生（glycolysis / gluconeogenesis）等潜在影响肉质形成的相关通路。 （3）基于Ribo-zero RNA-seq鉴定了撒坝猪肉质形成的关键mRNA、lncRNA及circRNA。两个品种背最长肌组织Ribo-zero RNA-seq数据分析的结果，共鉴定了22342个mRNA、11591个lncRNA和5124个circRNA。通过差异表达分析，共识别902个差异mRNAs（460个在撒坝猪中上调，442个在撒坝猪中下调）、47个差异lncRNAs（28个在撒坝猪中上调，19个在撒坝猪中下调）及198个差异circRNAs（73个在撒坝猪中上调，125个在撒坝猪中下调）。902个差异基因主要富集在与氧化还原酶活性、氧化还原过程等能量代谢相关的GO通路和糖酵解/糖异生、氨基酸生物合成、碳代谢等KEGG通路，对肌肉生长及肉质形成具有潜在影响。 （4）基于构建的差异基因互作关系网络鉴定了撒坝猪肉质关键基因。在较高可信度（combined score＞0.7）条件下，902个用于构建互作关系网络的差异基因中，有174个基因被包含在PPI网络中。进一步高关联模块分析结果显示，62个基因和203条边聚集于PPI子网络（score为12.857）。网络中心性分析显示，子网络中的NADH脱氢酶（NADH dehydrogenase, ND）亚基基因家族的ND4L、ND5、ND1、ND4及ND3基因拥有较高的中心性得分，被鉴定为潜在影响撒坝猪肉质形成的关键基因。 （5）基于构建的lncRNA-miRNA-gene及circRNA-miRNA-gene ceRNA网络鉴定了撒坝猪肉质形成的关键调控分子。基于ceRNA网络学说，以具有相同miRNA应答元件的lncRNA-gene pairs和circRNA-gene pairs构建了lncRNA-miRNA-gene和circRNA-miRNA-gene ceRNA网络。结果显示，两个ceRNA调控网络中共包含10个miRNAs、22个lncRNAs、46个circRNAs和60个mRNAs，其中miR-1343、miR-204、miR-139处于上调核心位置，miR-874、miR-362、miR-432处于下调核心位置，是调控网络中的关键miRNAs；ALDBSSCG0000001163、ENSSSCG 00000036020、XLOC_375095等为重要lncRNA，novel_circ_0001067、novel_circ_0003500等为重要circRNA。这些非编码RNA潜在调控撒坝猪肌生成或肉质形成过程。 （6）遗传变异与可变剪切分析。在撒坝猪中共检测到1000733个SNPs和117722个InDel位点，明显多于大白猪的401542个和64272个，表明撒坝猪在基因组转录区域的变异程度高于大白猪，在一定程度上说明撒坝猪的遗传多样性要高于大白猪。可变剪切事件分析结果显示，猪背最长肌中以外显子跳跃（SE）和外显子选择性跳跃（MXE）两种剪切方式为主。 综上，本研究基于背最长肌组织转录组学比较分析，识别了撒坝猪肉质形成的关键转录事件，鉴定了撒坝猪肉质形成的关键转录调控因子和关键基因，初步揭示了撒坝猪肉质特性形成的分子转录调控基础，为进一步深入阐释撒坝猪优良肉质形成的分子基础、促进其科学保护与优化利用奠定了理论基础。 |
| 并列题名： | Identification of Key Regulatory Molecules of Meat Quality in Saba Pig based on Comparative Transcriptomics |
| 题名主题： | 撒坝猪 肉质 全转录组测序 竞争性内源RNA 学位论文 |
| 中图分类： | S828-533 |
| 个人名称等同： | 胡伟 著 |
| 个人名称次要： | 鲁绍雄 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20210430 |