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中药材因其丰富的药用价值在人类文明中已存在数千年之久，云南省由于其独特的地理环境中药材资源种类、数量丰富。云木香【Saussurea costus(Falc.) Lipech.】、云当归【Angelica sinensis (Oliv.) Diels】作为云南两种重要道地药材，在药用方面具有很大的应用价值和开发前景。近年来，许多研究显示，药用植物内生菌能促进宿主植物生长，刺激宿主植物产生药用活性物质，从而增加宿主的次生代谢产物。利用植物内生菌开发具有高活性的中药制剂已成为国内外学者关注的热点。因此，对内生菌与药用植物的关系进行深入的研究，对于提高其有效成分的产量和质量有着十分重要的作用。目前对云木香、云当归的研究主要集中在药理作用以及有效组分上，而对云木香、云当归内生菌与其宿主植物相互作用的研究尚未见报道。本研究采用两年生健康云木香、云当归幼苗作为实验材料，从根、茎、叶及根际土壤中分离鉴定出内生菌；接着，对所分离的所有菌株进行了促生生物学活性分析，并根据促生生物学活性结果筛选出8株可能对云木香、云当归生长具有促进作用的内生菌；将8株内生菌单一回接至云木香、云当归幼苗，评价8株内生菌与云木香、云当归植物的相互作用，本实验从是否能促进云木香、云当归的生长、活性成分的增加以及转录组的角度来评价促生效果。主要结果如下：

(1)从云木香根、茎、叶以及根际土壤中共分离出7属25株内生细菌， 8属14株内生真菌；从云当归中共分离出12属22株内生细菌，6属9株内生真菌；对分离到的内生菌进行促生能力筛选，发现不同菌株其促生能力不同，根据促生潜力，最终筛选出相对较强的4株内生细菌和4株内生真菌，共8株内生菌进行单一回接实验；

(2)单一回接的8株内生菌以不同的方式促进云木香云当归的生长发育。对于生物量而言XYY15、 XYJ16、XYY59促进了云木香的生物量，XDY1和ZDG1促进了云当归的的生物量。对于叶绿素而言，编号为XYY15、XYY59、XYJ16和ZYJ1的内生菌对云木香的叶绿素含量有促进作用；云当归中的叶绿素含量与对照相比无显著差异。对于净光合速率而言，编号为XYY15、XYJ16、XYT115、ZYG3、和ZYJ6显著提高了云木香的净光合速率；XDY12、XDY16、ZDT5、ZDT9和ZDY3显著促进云当归的光净光合速率；

(3)云木香中8株内生菌不同程度的促进云木香活性成分的积累；云当归中XDY12、XDY16、XDY1、ZDT9和ZDG1处理显著增加了云当归阿魏酸的含量，内生细菌中最高的是XDY12处理，达到了0.083%，内生真菌中最多的是ZDG1处理，达到了0.098%；说明内生菌的施用有助于云木香、云当归活性成分的积累；

(4)转录组数据分析表明，内生菌处理云木香后共有上调基因1336个，下调基因1723个；云当归中共有上调基因1715个，下调基因1454个，合成路径中多个关键基因的表达量均有不同程度的提高，为内生菌对云木香、云当归的促生机理研究提供了理论基础。