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： 猪流行性腹泻病毒云南分离株全基因序列分析
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 猪流行性腹泻病毒云南分离株全基因序列分析/.王云华著/.尹革芬指导 |
| 出版发行项： | 2023.5.29 |
| 载体形态项： | 56页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物医学院, 学号2021240437 |
| 提要文摘： | ? 猪流行性腹泻病毒 (PEDV) 是α冠状病毒属成员，可导致仔猪发生严重的腹泻症状，给养猪业造成了巨大的经济损失。为了解云南省PEDV毒株的流行变异情况，本研究通过设计分段扩增PEDV全基因序列的引物，对前期分离鉴定并保存的3株PEDV毒株（YN2021、YNLP 2022和YNBS 2022）和1株弱毒疫苗毒株（Attenuated AJ1102-R）进行RT-PCR分段扩增、测序和序列拼接，将拼接完成的基因序列与国内外代表性的PEDV毒株（经典株CV777、DR13、弱毒疫苗株CV777、DR13和变异毒株AJ1102等）比对，从基因同源性、遗传进化、关键基因推导的氨基酸位点及毒株重组等方面进行分析，结果如下： 1、自主设计分段扩增PEDV全基因引物33对，通过RT-PCR方法特异性扩增、分子克隆、测序、组装和拼接，获得3株PEDV云南分离株（YN2021、YNLP 2022和YNBS 2022）和1株市售弱毒疫苗株Attenuated AJ1102-R的全基因序列。YN2021、YNLP 2022、YNBS 2022和Attenuated AJ1102-R株全长分别为27953bp、28036bp、28031bp和28042bp。 2、用生物信息学软件Megalign对本研究所获得4条PEDV全基因序列和58条参考毒株全基因序列进行同源性分析：本研究所获得的3条云南分离株YN2021、YNLP 2022和YNBS 2022核苷酸同源性在96.7～99.3%之间，与经典毒株CV777核苷酸同源性在96.6%～97.6%之间，与变异毒株AJ1102核苷酸同源性在97.0%～98.9%之间；利用MEGA 11软件构建基于全基因序列的NJ系统发育树发现：YN2021株与Attenuated CV777毒株聚类在同一进化分支上，属于GI-b基因亚型；YNLP 2022、YNBS 2022株与国内目前流行的变异毒株代表株ZJCZ4、变异疫苗株Attenuated AJ1102-R形成了一个大的分支，属于GII-b基因亚型。 3、利用Megalign软件对本研究测序获得的PEDV云南分离株的S、ORF3、M、N基因推导的氨基酸序列进行比对分析。基于S基因推导的氨基酸同源性分析：YN2021、YNLP 2022和YNBS 2022与经典株CV777的氨基酸同源性分别为96.7%、93.9%和93.6%，与变异株AJ1102的氨基酸同源性分别为93.6%、99.1%和98.9%。经S蛋白氨基酸序列比对发现：与经典毒株相比，变异毒株在第56位、59～63位和146位分别有1个、5个、和1个氨基酸插入（56G、59QGVNS63、146N/D），第58位氨基酸存在L（亮氨酸）和N（甲硫氨酸）的置换。YN2021株与经典毒代表毒株CV777在以上区域一致，而YNLP 2022和YNBS 2022在以上区域与变异毒株代表株AJ1102一致，进一步表明，YN2021属于经典流行毒株，YNLP 2022和YNBS 2022株属于变异流行毒株。在ORF3基因推导的氨基酸序列上，YN2021株在第82～113位、115～135位、139～144位和150～169位存在大量氨基酸的缺失，且缺少TM4跨膜域，与经典弱毒疫苗株和细胞适应性株的缺失特征一致。在M、N基因推导的氨基酸序列上，3条PEDV云南流行毒株存在与58株参考毒株不一样的氨基酸突变。此外，与变异流行毒株AJ1102相比，本研究所获得全序列的变异弱毒疫苗株Attenuated AJ1102-R的S蛋白序列，存在5个氨基酸插入（1280AIVDV1284），M蛋白序列上有2个氨基酸缺失（228HL229）。 4、通过RDP4软件7种算法和SimPlot分析，YN2021、YNLP 2022和YNBS 2022毒株中，YNLP 2022株是以GII-b亚型毒株PEDV-7C为主要亲本、以GII-a亚型毒株YN1为次要亲本的重组毒株，重组区域为nt4994-7605；而YNBS 2022株是以GII-b亚型毒株17GXCZ-1ORF3c为主要亲本、以GII-a亚型毒株PEDV-CHZ为次要亲本的重组体，重组区域为nt16399-22326，提示病毒基因重组可能会增加防控的难度。 ? 本研究以PEDV云南分离株全基因组序列为切入点，利用生物信息学方法分析、解析PEDV云南分离毒株及相关疫苗毒株全基因组序列的分子特征、遗传进化及毒株间的重组情况，为一线生猪安全生产提供了强有力的理论支撑。 |
| 并列题名： | Genome analysis of porcine epidemic diarrhea virus in Yunnan Province eng |
| 题名主题： | 猪流行性腹泻 全基因 遗传变异 基因重组 学位论文 |
| 中图分类： | S855.3-533 |
| 个人名称等同： | 王云华 著 |
| 个人名称次要： | 尹革芬 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240529 |