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茶树[Camellia sinensis (L.) O. Kuntze]是我国重要的经济作物，茶树根系是茶树固着于土壤的关键营养器官，也是茶树吸收土壤养分和水分的重要器官，而茶树根系在进行养分吸收、抗逆境胁迫等生理过程中均有着微生物的参与。茶树的健康生长会受到其根部微生物的群落结构组成、多样性和数量的影响。本研究以云南省澜沧县糯福乡内防草布覆盖除草、耕作除草、不除草三种不同杂草管理方式茶园内茶树为研究对象，测定根际土壤养分状况，及宏基因组测序技术测定茶树根际与根内微生物群落构成。揭示茶树根际与根内微生物群落的组成及主要代谢功能预测，以及明确茶园土壤环境因子、茶园管理措施对茶树根际与根内生微生物的影响作用，并探究茶树根际与根内微生物群落间的关系。主要研究结果如下：
（1）在门水平上，茶树根际微生物群落中优势门为变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和绿弯菌门（Chloroflexi），。茶树根内生微生物优势门为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和绿弯菌门（Chloroflexi）。在属水平上，茶树根际微生物优势属为酸杆菌门的unclassified Acidobacteria、绿弯菌门的unclassified Chloroflexi、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）。茶树根内生微生物优势属为慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、特热邦菌属（Trebonia）、链霉菌属（Streptomyces）、细枝菌属（Ktedonobacter）。茶树根际与根内生微生物在物种数量和物种组成上均存在一定差异。在物种数量上，茶树根际微生物物种数量高于茶树根内生微生物群落。在物种组成上，根内生微生物群落中放线菌门（Actinobacteria）、子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）的相对丰度较高，而酸杆菌门（Acidobacteria）、念珠菌门（Candidatus Rokubacteria）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、芽单胞菌门（Gemmmatimmonadetes）、浮霉菌门（Planctomycetes）、硝化螺旋菌门（Nitospirae）等相对丰度显著降低。在属水平上，茶树根内生微生物中特热邦菌属（Trebonia）、链霉菌属（Streptomyces）、拟无枝酸菌属（Amycolatopsis）、华杆菌科的unclassified Sinobacteraceae、罗尔斯通氏菌属（Ralstonia）、Reticulibacter、网状杆菌属（Dictyobacter）、细枝产孢菌属（Ktedamasporobacter）的相对丰度显著高于根际土壤。酸杆菌门的unclassified Acidobacteria、绿弯菌门的unclassified Chloroflexi、生丝微菌目的unclassified Hyphomicrobiales、念珠菌门的unclassified Candidatus Rokubacteria、链孢囊菌科的unclassified Streptosporangiaceae、土壤红色杆形菌目的unclassified Solirubrobacterales以及放线菌纲的unclassified Actinomycetia等的相对丰度显著低于茶树根际。
（2）利用COG、KEGG、CAZy数据库对茶树根际与根内生微生物主要功能进行注释。茶树根际与根内生微生物群落具有丰富的生物功能。COG功能蛋白注释结果表明茶树根际与根内生微生物中功能蛋白主要与氨基酸转运代谢、碳水化合物转运代谢等有关。其中，茶树根际微生物群落中与氨基酸转运代谢相关的功能蛋白丰度较高，茶树根内生微生物中与碳水化合物转运代谢相关的功能蛋白丰度较高。茶树根际与根内生微生物群落种KEGG功能主要与微生物代谢有关，茶树根际微生物中与氮代谢有关的功能基因的相对丰度低于根内生微生物，而与氨基酸代谢与合成、次生代谢物合成途径、碳代谢等有关的功能相对丰度则显著高于根内。茶树根际与根内生微生物群落中均含有种类丰度，功能多样的碳水化合物活性酶。其中，糖苷水解酶类、糖基转移酶类和多糖裂解酶类的相对丰度在茶树根际与根内生微生物群落间具有显著差异。
（3）茶树根际与根内生微生物群落结构以及功能会受到茶园栽培管理措施和茶园土壤环境因子的影响。茶园不同杂草管理方式会影响茶树根际与根内生微生物优势物种群落结构与功能，并且对茶树根内生物微生物的物种数量产生一定影响。三种不同杂草管理方式中，茶树根际土壤优势门的相对丰度具有一定的的差异，但对微生物在门和属的数量上影响较小。茶园不同杂草管理方式对茶树根内生微生物物种组成和相对丰度均具有一定影响，并且对其物种组成数量影响显著，在茶树根内生微生物物种数量上，耕作除草茶园＞不除草茶园＞防草布覆盖茶园。茶园不同杂草管理模式对茶树根际微生物COG功能和CAZy 碳水化合物活性酶影响较小，而对茶树根内生微生物COG功能和CAZy 碳水化合物活性酶具有一定影响，其相对丰度和数量均表现为耕作除草茶园＞不除草茶园＞防草布覆盖茶园。不同杂草管理方式对茶树根际与根内生微生物KEGG功能的相对丰度与数量影响较小。茶园土壤pH、SOM、TP、TK和AN是茶树根际微生物主要群落丰度的重要影响因子，茶树根内生微生物群落结构主要受茶园土壤TN含量的影响。茶树根际与根内生微生物功能类群主要受到茶园土壤氮含量影响，茶树根际土壤微生物功能丰度受茶园土壤AN含量影响较大，茶树根内生微生物群落功能主要受到土壤TN含量影响。
本研究通过对茶树根际与根内生微生物的群落结构以及功能进行研究，将为人们理解茶树根际与根内生微生物组成及功能提供科学依据，增进人们茶园微生物资源的研究与利用，为茶园种植管理、茶叶品质提升提供科学依据，促进茶叶产业持续健康发展。