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： 利用深度测序探测云南14种植物的病毒种类
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00(估)缴送 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 利用深度测序探测云南14种植物的病毒种类/.何鹏著/.李凡指导 |
| 出版发行项： | 2020.06 |
| 载体形态项： | 89页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 植物保护学院 |
| 提要文摘： | 云南地处低纬高原，地形地貌复杂，气候类型多样，植物种类繁多。近年来随着高原特色经济产业的发展，蔬菜、花卉、药用植物等在云南多地种植，极大促进了当地社会和经济的发展。然而，由于蔬菜等作物单一品种大面积种植，以及重楼等药用植物生长期较长等原因，这些植物上的病毒病发生严重，成为影响云南高原特色植物种植的主要原因。本研究利用深度测序技术，对云南主要蔬菜、观赏植物、特色经济作物及杂草等展开病毒调查鉴定，旨在探明云南这些植物上病毒病的发生状况、病毒种类等，为主要病毒病的防控提供科学的理论依据。具体结果如下： 2017年至2019年在云南省采集疑似病毒病的辣椒、番茄、生菜、蝴蝶兰、树番茄、八角金盘、诺丽、重楼、鬼针草等样品。利用深度测序（Deep sequencing）技术并结合RT-PCR技术（Reverse transcription-polymerase chain reaction），对上述植物开展了病毒种类的鉴定，其中，在辣椒中检测到齿兰环斑病毒（odontoglossum ringspot virus，ORSV）、番茄环纹斑点病毒（tomato zonate spot orthotospovirus，TZSV）、番茄斑萎病毒（tomato spotted wilt orthotospovirus，TSWV）等3种病毒；在番茄中检测到TSWV和TZSV两种病毒；在生菜中检测到TSWV；在蝴蝶兰中检测到ORSV和建兰花叶病毒（cymbidium mosaic virus，CyMV）；在树番茄中检测到TSWV；在鬼针草和八角金盘中检测到TZSV。 在症状表现为花叶的诺丽中发现一种新病毒，将其命名为诺丽花叶病毒（noni mosaic virus，NoMV），并确定其全基因组序列。NoMV基因组全长9645nt（基因登录号：MN114634），3’端有 poly（A）尾，NoMV的基因组结构符合典型的马铃薯Y病毒属病毒（Potyvirus）的基因组结构，包含一个大的开放阅读框（Open Reading Frame），编码3077个氨基酸的多聚蛋白。NoMV在核苷酸水平上与其他马铃薯Y病毒属病毒的序列同源性为48.8% -58.5%，在氨基酸水平上序列同源性为38.5% -53.4%。根据国际病毒分类学委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses）报告中马铃薯Y病毒科病毒（Potyviridae）种的划分标准，NoMV应该是马铃薯Y病毒属的一种新病毒。根据马铃薯Y病毒属病毒的多聚蛋白序列构建系统进化树，发现NoMV与potato virus Y group成员聚成一个分枝。通过电镜观察发现，NoMV的病毒粒子为线状，长约800 nm。 在重楼中检测到朱顶红褪绿环斑病毒（Hippeastrum chlorotic ringspot orthotospovirus，HCRV）、剪秋罗斑驳病毒（lychnis mottle virus，LyMV）以及重楼花叶坏死病毒（Paris mosaic necrosis virus，PMNV）。并在症状表现为斑驳的重楼中发现一种新病毒，将其命名为重楼斑驳病毒（Paris mottle virus， PaMoV），并测定其基因组全长序列，PaMoV基因组全长9600nt，3’端含poly（A）尾，PaMoV的基因组结构是典型的马铃薯Y病毒属病毒，包含一个大的开放阅读框，编码3099个氨基酸的多聚蛋白。在核苷酸平上PaMoV与其他马铃薯Y病毒属病毒的序列同源性为42.1%-51.6%，在氨基酸水平上序列同源性为39.6%-41.9%。根据ICTV 报告中马铃薯Y病毒科病毒种的划分标准，PaMoV应该是马铃薯Y病毒属的一个新成员。根据马铃薯Y病毒属病毒多聚蛋白序列构建的进化树发现，PaMoV与plum pox virus group成员聚成一个分枝。对PaMoV进行重组分析发现，PaMoV的nt3452~7968很有可能发生了秘鲁番茄花叶病毒（Peru tomato mosaic virus，PeTMV）和芜菁花叶病毒（turnip mosaic virus，TuMV）的重组。 VirusDetect是一个能分析小RNA（Small RNA）测序数据的软件。通过比较测序公司的sRNA测序分析结果与VirusDetect软件的分析结果，发现VirusDetect软件能够更多地挖掘病毒的信息。测序公司的数据分析结果显示：山茶中可能存在花生矮缩病毒（peanut clump virus，PCV），番茄中可能存在番茄黄化曲叶病毒（tomato yellow leaf curl virus，TYLCV）和番茄褪绿病毒（tomato chlorosis virus，ToCV），水鬼蕉中可能存在番茄斑驳皱缩病毒（tomato mottle wrinkle virus，TMoWrV）。利用VirusDetect软件的分析结果发现：山茶中可能存在HCRV，番茄中可能存在TYLCV、ToCV、南方番茄病毒（Southern tomato virus，STV）和HCRV，水鬼蕉中可能存在HCRV和蜘蛛兰坏死斑病毒（spider lily necrotic spot virus，SLNSV）。后续在山茶中成功检测到HCRV，在番茄样品中检测到TYLCV、ToCV、STV以及HCRV，在水鬼蕉样品中检测到HCRV。说明VirusDetect软件能够针对病毒的序列进行比对分析，并可以把sRNA序列的读长（reads）拼接成更长的重叠群（contig），有利于后续对相关病毒进行验证，且VirusDetect软件分析出来的大部分病毒都能通过RT-PCR或PCR得到验证。 根据深度测序结果，利用RT-PCR技术对采自云南省昆明市、玉溪市、大理州、保山市、德宏州、怒江州、丽江市、曲靖市、文山州等地共计24科46种植物的659个样品，进行正番茄斑萎病毒属的TSWV、TZSV、凤仙花坏死斑点病毒（impatiens necrotic spot orthotospovirus，INSV）、HCRV等四种病毒的检测。发现这4种病毒发生最为普遍的地区是昆明，都能检测到4种病毒；4种病毒在茄科植物上发生最为普遍，其中辣椒上检测到了4种病毒；而TSWV是4种病毒中发生率最高的优势病毒，其检出率达到34.6%，但寄主范围最广的却是HCRV，能够侵染辣椒、龙葵、番茄、烟草、苜蓿等7科11种作物。在部分样品中存在多种正番茄斑萎病毒属病毒复合侵染的情况，2种病毒复合侵染较为普遍，检出率为9.4%，其类型有4种，分别是TSWV+TZSV，检出率为4.8%；TSWV+INSV，检出率为0.9%；TZSV+HCRV，检出率为0.9%；INSV+HCRV，检出率为2.8%。三种病毒复合侵染的检出率为2.8%，其类型有两种，分别为TSWV+TZSV+INSV，检出率是1.9%；TSWV+TZSV+HCRV，其检出率为0.9%。 |
| 并列题名： | Viruses Infecting 10 Plants in Yunnan Identified by Deep Sequencing |
| 题名主题： | 深度测序 病毒鉴定 马铃薯Y病毒 正番茄斑萎病毒属 学位论文 |
| 中图分类： | S432.41-533 |
| 个人名称等同： | 何鹏 著 |
| 个人名称次要： | 李凡 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20210611 |