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： 三个云南地方品种断奶仔猪空肠微生物及其抗生素耐药基因组成的比较分析
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 三个云南地方品种断奶仔猪空肠微生物及其抗生素耐药基因组成的比较分析/.李永香著/.潘洪彬指导 |
| 出版发行项： | 2023.6.7 |
| 载体形态项： | 61页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物科学技术学院, 学号2020210367 |
| 提要文摘： | 空肠微生物与宿主的营养代谢密切相关，并且在介导仔猪腹泻和维持免疫稳态方面发挥着重要作用。云南省是我国地方猪品种遗传资源最多的地区，其肠道中蕴藏着丰富的微生物资源，是宝贵的饲料微生态制剂来源之一。抗生素抗性基因（ARGs）威胁着人类和动物健康，肠道微生物是重要的ARGs储存库之一。而关于云南省地方猪种空肠微生物及其ARGs组成的比较研究鲜见报道。因此，本研究选择云南省不同地区的长白猪（LA，昆明市）、撒坝猪（SB，昆明市）、滇南小耳猪（DS，景洪市）和大河猪（DH，曲靖市）各三头第三胎的怀孕母猪，用不含抗生素的日粮喂养，仔猪出生后，母乳喂养到第35天。从每头母猪中随机选择三头仔猪屠宰，收集空肠中段的食糜，每个品种各9个空肠食糜样本，利用宏基因组测序技术测序并分析四猪种空肠微生物群落的组成、功能、耐药性并将差异微生物与耐药性基因进行关联分析。结果显示： （1）LA、SB、DS和DH仔猪空肠食糜中共有基因数为36671个基因，特有的基因数分别为46243、164214、88570和318348。 （2）PCoA和ANOSIM图显示了四个猪种微生物组成存在明显差异（P<0.05），而聚类分析显示，LA、SB和DH猪的肠道菌群聚集于同一簇，而DS单独聚类。 （3）在门水平，Firmicutes、Proteobacteria、Bacteroidetes和Actinobacteria是4个猪种中最主要的4个门，与纤维降解有关的Bacteroidetes相对丰度在SB、DS和DH中高于LA. 在属水平，LA和SB的优势菌是Lactobacillus和Veillonella，DH的优势菌为Clostridium和Prevotella；而DS中Clostridium在其所有细菌中占绝对优势。 在种水平，总结了12种差异显著的微生物，其中Terrisporobacter_glycolicus、Lactobacillus_melliventris和Lactobacillus_ultunensis在LA中丰度最高； Acidaminococcus_sp._CAG:542、Veillonella_magna和Acidaminococcus_timonensis在SB中丰度最高； Clostridium_ventriculi、Moraxella_pluranimalium和Ruminococcus_sp._CAG:177在DS中丰度最高；而Firmicutes_bacterium_CAG:103、[Actinobacillus]_rossii及Clostridium_sp._CAG:594在DH中丰度最高。其中Acidaminococcus_sp._CAG:542、Acidaminococcus_timonensis、Ruminococcus_sp._CAG:177、Firmicutes_bacterium_CAG:103和Clostridium_sp._CAG:594等微生物可能具有降解和消化膳食纤维的作用。 （4）在LA猪中显著富集16个KEGG途径、3个eggNOG途径和17个碳水化合物酶的显著富集；SB猪中显著富集6种KEGG途径和5种碳水化合物酶；DS显著富集猪中25个KEGG途径、2个eggNOG途径和14个碳水化合物酶；DH猪中显著富集24个KEGG途径、7个eggNOG途径和57个碳水化合物酶。 （5）在所有样品中总共检测到32487个ARGs，其显示对38类药物均有抗性。丰度前10的ARGs在LA和SB中均显著高于DS（P<0.05）。LA中青霉素类、头孢菌素类、肽类类、利福霉素类、硝基咪唑类和截短侧耳素类抗生素的ARGs丰度和SB中头孢菌素类、肽类、利福霉素类、硝基咪唑类和截短侧耳素类抗生素的ARGs丰度显著高于DH（P<0.05）；DH中氟喹诺酮类和硝基咪唑类抗生素的ARGs的丰度显著高于DS（P<0.05）；而LA和SB中所有类型的ARGs均没有显著差异。 （6）检测到Lactobacillus amylovorus CAG:719等20种微生物与ARGs显著相关（P<0.05），与ARGs呈正相关的Lactobacillus amylovorus CAG:719等12种微生物均属于厚壁菌门，其中9种属于乳杆菌。 综上所述，不同猪种空肠微生物组成和多样性及功能存在差异，而相近地区猪种间微生物组成趋于相似。地方猪种空肠中的Acidaminococcus_sp._CAG:542等5种微生物也许有助于消化粗纤维。ARGs的丰度受微生物群落结构的影响很小，但与地理位置密切相关。此外，作为益生菌，乳酸杆菌也是一种重要的ARGs产生菌。本研究结果为比较云南地方猪种肠道微生物不同以及筛选新的微生态饲料添加剂提供了基础数据，并揭示了云南不同地区猪场的抗生素暴露和肠道微生物的耐药性，为合理使用抗生素和降低ARGs在畜牧业中传播的风险提供了理论指导。 |
| 并列题名： | Comparative Analysis of Jejunum Microorganisms and Antibiotic Resistance Genes Compositive of Weaned Piglet in Three Yunnan Local Breeds |
| 题名主题： | 地方猪 空肠食糜 微生物组成 抗生素耐药性基因 学位论文 |
| 中图分类： | S828-533 |
| 个人名称等同： | 李永香 著 |
| 个人名称次要： | 潘洪彬 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240301 |