书目详细信息
： 水牛长链非编码RNA的全基因组高通量筛选与鉴定及潜在的功能研究
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 水牛长链非编码RNA的全基因组高通量筛选与鉴定及潜在的功能研究/.金禹含著/.苗永旺指导 |
| 出版发行项： | 2022.12.30 |
| 载体形态项： | 71页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物科学技术学院, 学号2018210292 |
| 提要文摘： | 水牛是热带和亚热带地区重要的家畜，在农业经济中占有重要地位。它是牛奶、牛肉、牛角、牛皮和牵引力的重要来源，尤其是它乳脂、乳蛋白等含量高而富含营养的牛奶，是奶油、黄油、酸奶和许多不同种奶酪的重要原料。近年，已有研究表明长链非编码RNA（lncRNA）在许多生物过程中起着关键作用。以往对水牛乳腺发育的研究主要集中在蛋白质编码基因上。然而，对水牛lncRNA的相关研究却很少，乳腺发育、产奶性状与lncRNA表达之间的调控关系也尚不清楚。因此，对水牛长链非编码RNA的全基因组鉴定，以及对不同泌乳时期个体的转录组比较、将有助于构建水牛乳腺上皮细胞乳汁合成和乳汁物质代谢网络，为培育优质的奶水牛提供理论依据，具有实践指导意义和应用前景。本研究通过对来自槟榔江水牛泌乳早期，泌乳中期和泌乳晚期的乳汁体细胞样本进行转录组测序，并整合当前已注释的水牛lncRNA，来全基因组鉴定水牛中长链非编码RNA基因；比较三个不同泌乳时期长链非编码RNA的表达以及它们的潜在功能，得到如下结果： （1）通过整合本研究对22个样本进行测序产生的RNA-seq数据和已注释的RNA转录本，共鉴定了7962个lncRNA基因，他们编码10789个lncRNA转录本。这些lncRNA中的基因间区长链非编码RNA距离最近的蛋白编码基因的距离大于蛋白编码基因内含子的长度，这说明本研究鉴定的lncRNA不是蛋白编码基因未被注释的外显子。且lncRNA的表达量低于蛋白编码基因的表达量。此外，对本研究鉴定出的lncRNA基因在22个样本中的表达量进行统计分析，发现表达量居前10位的lncRNA基因占有表达的lncRNA基因比例在33.4286%~56.2738%之间；表达量位于前15位的lncRNA基因占有表达的lncRNA基因比例在40.9221%~63.7934%之间，这说明大部分lncRNA基因的表达量较低。且研究发现，lncRNA的长度和外显子数量明显低于蛋白编码基因。 （2）已有研究证明lncRNA可能顺式调节与其相邻近的蛋白编码基因，因此，本研究对lncRNA可能调控的邻近蛋白编码基因做GO和KEGG聚类分析。GO分析结果表明，这些邻近的蛋白涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控和转录正调控、DNA模板的转录负调控和转录正调控、炎症反应、上皮细胞分化负调控和凋亡过程的负调控。KEGG结果显示，这些邻近蛋白涉及包括PI3K-Akt通路、缺氧诱导因子-1通路、与癌症相关和与阿米巴病相关的通路、癌症中的转录失调、急性髓细胞白血病、T细胞受体通路、甲状腺激素通路、破骨细胞分化、红斑狼疮通路在内的10条信号通路。但尚需要功能实验来进一步确定其是否具有真实的调控关系。 （3）本研究分别测了泌乳早期、泌乳中期和泌乳晚期的转录组数据，在泌乳早期和泌乳中期，鉴定了10个差异表达的长链非编码RNA基因；在泌乳早期和泌乳晚期，鉴定了46个差异表达的长链非编码RNA基因；在泌乳中期和泌乳晚期，鉴定了1个差异表达的lncRNA基因。这为乳腺相关的功能研究，提供了候选的lncRNA基因。 （4）本研究发现长链非编码RNA lnc-bbug14207在泌乳早期表达量显著高于泌乳晚期的表达量，并发现lnc-bbug14207可能调控邻近的MFG-E8和HAPLN3基因，从而导致MFG-E8和HAPLN3基因在泌乳早期和晚期表现为差异表达，进而调节乳腺的发育。因此，lnc-bbug14207基因可能是在不同的泌乳时期对乳腺起调节作用的分子基础之一。但是，它对乳腺表型的影响还需要进一步的细胞实验和动物实验来证实。 （5）本研究进一步利用水牛的乳汁体细胞转录组数据，鉴定了845535个高质量的SNP位点。并利用统计量FST分别比较了不同泌乳时期高泌乳量和低泌乳量的分化位点，发现多个长链非编码RNA基因的遗传变异位点可能调控水牛的泌乳相关性状。但还需要更多的全基因组测序数据来确定他们的遗传分化信号，需要进一步的动物实验来确定它们对性状的调节。 本研究从全基因组角度鉴定了水牛的长链非编码RNA基因，筛选出了可能调控水牛泌乳过程的长链非编码RNA基因，为奶水牛的分子育种的奠定了基础。 |
| 并列题名： | Genome-Wide High-throughpt Screening and Identification of Long Noncoding RNA Genes and Potential Functional Research in Water Buffalo eng |
| 题名主题： | 水牛 长链非编码RNA 泌乳性状 SNP 遗传分化 学位论文 |
| 中图分类： | S823.83-533 |
| 个人名称等同： | 金禹含 著 |
| 个人名称次要： | 苗永旺 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240604 |