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瓢鸡是分布于云南省普洱市镇沅县及周边地区的一个地方鸡种，也是国内唯一的无尾鸡遗传资源，除无尾性状外瓢鸡还存在卷羽、绒羽、瓦灰羽、蓝耳、乌骨等外貌特征。瓢鸡众多特色性状为我国家鸡优质基因的挖掘与基因功能鉴定提供了不可多得的研究素材，高通量SNP基因分型与全基因组关联分析技术为功能基因定位及筛选提供了新的途径。
本研究对瓢鸡主要表观性状全基因组关联分析（GWAS）检测的结果采用以下表述方式：1）Q-Q plot图,表示所检测SNP的观测卡方值与期望卡方值的偏离程度；2）曼哈顿图（Manhattan），是以染色体为横坐标、以SNP基因型与检测性状相关显著性的负对数值（-log10（P））为纵坐标的二维图；3）经Bonferroni校正达到显著水准SNP的染色体位置、显著水准的概率值及位置关联基因。
在无尾性状的全基因组基因定位分析中，56个SNP达到显著水平，均定位到2号染色体，位置在Gga2:86.6－87.8M区间。SNP（AX-76172508）位于无尾相关基因IRX1内部；有12个SNP位于IRX1基因附近，SNP （AX-76171164）位于IRX2基因附近。这与美国克莱蒙森研究团队在2012年报道的关于阿牢干鸡（Araucana ）无尾性状的研究结果一致，表明控制不同鸡种的无尾性状是由同一基因控制的。
在卷羽性状的全基因组基因定位分析中，9个SNP达到显著水平，分别定位到4个不同染色体（18，19，27，33）。位于33号染色体Gga33:1.29－1.31M区域内的5个显著SNP 均定位到KRT6A与KRT75L4基因，表明这两个角蛋白基因与瓢鸡卷羽性状高度关联。另外27号染色体还定位到一个与毛囊发育相关的基因DLX3。
在绒羽性状的全基因组基因定位分析中，23个SNP达到了显著水平，分别定位