书目详细信息
： 基于转录组筛选大、小型丽江猪肝脏组织差异表达基因
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 基于转录组筛选大、小型丽江猪肝脏组织差异表达基因/.李俊豪著/.严达伟, 王莉兴指导 |
| 出版发行项： | 2023.6.21 |
| 载体形态项： | 46页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物科学技术学院, 学号2021240406 |
| 提要文摘： | 肝脏是猪极低密度脂蛋白合成分泌、脂肪和胆固醇从头合成、脂肪酸氧化的主要部位，研究肝脏组织脂质代谢关键基因，对解析脂肪代谢的遗传调控机制以提高猪肉品质有重要参考价值。丽江猪是近年在云南新发现的猪种遗传资源，具有囤脂能力强、肌内脂肪含量高、肉质好等特点，且品种内存在大型和小型两个自然分离群。本研究以大、小体型新生期丽江猪为对象，进行肝脏转录组测序，通过生物信息分析技术筛选差异表达基因，并对差异基因进行功能注释和通路富集分析，旨在筛选肝脏脂质代谢相关差异表达基因并分析其调控网络。主要结果如下： （1）RNA-seq高通量测序在大、小体型新生期丽江猪肝脏组织中共筛选到阳性表达基因17264个。以 |log2 (FoldChange)| >1 且 FDR <0.05为标准，共有1379个基因显著差异表达。与小体型丽江猪相比，大体型丽江猪有519个差异表达基因显著上调、860个差异表达基因显著下调。随机挑选FADS1、ESRRG、PNPLA3、INSIG1、ANGPTL3、TRHDE、LIPG 7个基因进行qPCR验证，结果显示qPCR中基因上调与下调的表达模式与转录组测序结果一致。 （2）对筛选到的显著差异基因进行GO功能富集分析，显著差异表达基因主要富集到转运蛋白活性、受体结合功能、细胞周边和脂质代谢等条目。从差异表达基因参与的生物学过程来看，差异表达基因主要在小分子代谢过程、脂质代谢过程、细胞脂质代谢过程、脂肪酸代谢过程、类固醇代谢过程、脂质生物合成过程、磷脂代谢过程等过程显著富集。 （3）对筛选的显著差异基因进行KEGG通路富集分析，显著差异表达基因主要在胆汁分泌、视黄醇代谢、甘油酯代谢、磷脂酶D信号通路、脂肪细胞脂解的调节、FOXO信号通路、AMPK信号通路、PI3K-Akt 信号通路等通路显著富集。 （4）用筛选到的39个脂质代谢相关基因构建丽江猪不同体型肝脏组织差异表达基因调控网络和蛋白互作网络，LPIN1、ACSL1、FOXO1、ANGPTL3、PPARG、CEBPA、ME1、GPAT3、FNDC5、THRSP、INSTG1、PPARD、PPARGC1A、FADS1、GPAM 15个基因位于互作网络核心。与小体型丽江猪相比，LPIN1、FOXO1、INSTG1、PPARD、PPARGC1A在大体型丽江猪肝脏组织中显著上调，ACSL1、ANGPTL3、PPARG、CEBPA、ME1、GPAT3、FNDC5、THRSP、FADS1、GPAM在大体型丽江猪肝脏组织中显著下调。 （5）LPIN1、FOXO1、INSTG1、PPARD、PPARGC1A在大体型丽江猪肝脏组织中显著上调，可能通过促进脂肪酸氧化和抑制脂肪生成调控大体型丽江猪脂肪沉积。ACSL1、ANGPTL3、PPARG、CEBPA、ME1、GPAT3、THRSP、FADS1、GPAM、FNDC5在大体型丽江猪中肝脏组织显著下调，可能通过抑制脂肪酸合成和抑制脂肪生成调控大体型丽江猪脂肪沉积。 本研究通过对大、小体型丽江猪肝脏组织转录组进行生物信息学分析，构建丽江猪不同体型肝脏组织差异表达基因调控网络，初步明确LPIN1、ACSL1、FOXO1、ANGPTL3、PPARG、CEBPA、ME1、GPAT3、FNDC5、THRSP、INSTG1、PPARD、PPARGC1A、FADS1、GPAM 15个核心基因参与大、小体型新生期丽江猪肝脏脂质代谢过程，可为探究肝脏脂质代谢分子机制奠定基础，为丽江猪的选育利用提供参考。 |
| 并列题名： | Transcriptome screening of differentially expressed genes in liver tissues of large and small Lijiang pigs eng |
| 题名主题： | 丽江猪 肝脏组织 转录组 脂质代谢 学位论文 |
| 中图分类： | S813.2-533 |
| 个人名称等同： | 李俊豪 著 |
| 个人名称次要： | 严达伟 指导 |
| 个人名称次要： | 王莉兴 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240301 |