书目详细信息
： 兰坪乌骨绵羊及天门冬属基因组数据库的构建与研究
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 兰坪乌骨绵羊及天门冬属基因组数据库的构建与研究/.和春娟著/.张佳进指导 |
| 出版发行项： | 2023.5.29 |
| 载体形态项： | 51页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 大数据学院, 学号2021240541 |
| 提要文摘： | 兰坪乌骨绵羊是一种稀有独特的绵羊品种，也是集科研、食用、药用集一身的畜禽品种资源。然而，由于羊群长期处于自繁自养的封闭状态, 且常年散养放牧。此外，当地独特的环境，如高海拔（约3000米）、强辐射、陡峭地形和冬季低温，不利于兰坪乌骨绵羊种质资源的发展与利用。 天门冬属（Asparagus）是属于天门冬科（Asparagales）的一个单子叶植物属，包含了200多个物种。该属植物包括商业上重要的蔬菜物种，最突出的是石刁柏，以及一些具有观赏和药用价值的物种，如文竹和天冬草。尽管该属具有重要的商业价值，但只有雌雄异株的标志性植物石刁柏被广泛研究，包括测序和组装参考基因组。其他物种，特别是雌雄同株的物种，没有得到很好的研究。 构建物种特有的生物数据库，将促进对物种大规模组学数据的管理和探索，加快对物种功能基因组学研究和分子标记育种。在本研究中，利用兰坪乌骨绵羊的高质量SNP数据和天门冬属植物的多组学数据，分别构建了兰坪乌骨绵羊和天门冬属特有的基因组数据库。主要研究工作及结果如下： （1）构建了兰坪乌骨绵羊的SNP数据库（命名为BbGSD），这是首个兰坪乌骨绵羊的数据库。BbGSD网址为http://202.203.179.53/bbgsd/。BbGSD是使用R/Shiny框架和各种R包构建的，提供五个分析模块，实现轻量级分析和可视化150个绵羊样本的SNP位点。 （2）本研究对大理天门冬和其他8个被子植物的高质量染色体水平组装的基因组进行比较基因组学分析。系统发育树分析结果表明大理天门冬与石刁柏的关系更为密切，即大约6.98百万年前从它们的共同祖先发生分化。基于物种间的基因组共线性分析，发现大理天门冬与石刁柏和文竹之间有很高的共线性，即天门冬属物种之间的基因组结构整体上是保守的。同时，同义替换率（Ks分析）结果显示大理天门冬进化过程中至少发生过两次全基因组复制（Whole genome duplication, WGD），其中一次是最近发生的。 （3）构建了天门冬属同源基因数据库AsparagusDB，数据库中包含了4个天门冬属主要植物的叶绿体、线粒体基因组数据，及对应的注释数据，以及变体调用格式数据（VCF）和系统发育树数据。数据库还提供了序列比对、基因浏览器和基因检索下载等功能和数据可视化界面。 本研究开发的兰坪乌骨绵羊和天门冬属基因组数据库分析平台，为兰坪乌骨绵羊及天门冬属植物的物种进化、鉴定保守位点和特殊性状的研究提供了丰富的数据资源，对加快分子辅助育种的功能基因组学研究具有重要意义。 |
| 并列题名： | Construction and research of Lanping black-boned sheep and Asparagus genomic database eng |
| 题名主题： | 兰坪乌骨绵羊 单核苷酸多态性 天门冬属 进化分析 基因组数据库 学位论文 |
| 中图分类： | S188-533 |
| 个人名称等同： | 和春娟 著 |
| 个人名称次要： | 张佳进 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240301 |