书目详细信息
： 靶向沉默STING基因对PCV2在PK-15细胞中复制的研究
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 靶向沉默STING基因对PCV2在PK-15细胞中复制的研究/.张敬寒著/.张以芳指导 |
| 出版发行项： | 2023.5.26 |
| 载体形态项： | 50页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物医学院, 学号2020210407 |
| 提要文摘： | 由猪圆环病毒2型（PCV2）引起的猪圆环病毒相关性疾病（PCVAD），可导致机体免疫功能受损，是猪只最常见的免疫抑制性疾病之一。目前针对PCV2的防治尚缺乏完全有效的药物和疫苗，因此对研究PCVAD防治的新方法与新制剂有一定理论和实践意义。STING作为多种 DNA识别受体的下游接头分子，在抗病毒天然免疫应答中发挥重要作用。 RNA干扰（RNAi）技术是由双链小干扰 RNA（siRNA）引起的序列特异性转录后基因沉默现象，该技术在恶性肿瘤、心血管疾病、传染性疾病等的治疗及相关研究方面发展迅速，但在 PCV2 治疗方面仍需进一步研究。 本试验通过ExpasyProtParam tool、CDART、Netphos 3.1 Server 、TMHMM Server version 2.0等软件对 STING 基因的理化性质、亲疏水性、保守结构域、磷酸位点、二级结构和三级结构等进行分析。在此基础上，使用siDirect version 2.0在线程序设计并合成三对猪 STING 基因的靶序列和1对阴性对照序列，利用脂质体转染方法转染至 PK-15 细胞，通过qRT-PCR、Western Blot、CCK-8 分别检测干扰 STING 基因 PK-15 细胞株中的mRNA表达量、蛋白表达量和细胞生长活力，筛选出最佳干扰效率的siRNA序列后进行 PCV2 云南株攻毒，通过qRT-PCR 检测 PCV2 感染 PK-15 细胞后IFN-β、IL-1β、IL-6 的表达水平和病毒拷贝数，利用 IFA 检测 PCV2 感染细胞情况。并将干扰 STING 基因并攻毒的细胞样品进行 Illumina 测序，筛选出差异表达基因并进行GO功能和 KEGG 通路富集分析。具体结果如下： 1. STING基因生物信息学分析及序列设计结果：STING 基因为亲水性蛋白，CDS为1137 bp，编码378个氨基酸，无信号肽，有4个跨膜结构；保守结构域位于44-337 AA属于STING_C超家族成员；含有的丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）以及酪氨酸（Tyr）个数分别为 17、7 和 3；二级结构中含α螺旋201 AA（53.17%），延伸链结构33 AA（8.73%），β转角12AA（3.17%），无规则卷曲132 AA（34.92%）；三级结构模型生成得分 2.29。设计的干扰序列所在位置： siSTING-1：472-489 bp、siSTING-2：527-547 bp ；siSTING-3：1005-1025 bp 。 2. 筛选出siSTING-2在转染后72h达到最佳沉默效果，没有引起细胞生长活力发生显著变化，且攻毒后在48h和72h时转染 siSTING-2 组中的 IFN-β mRNA 表达水平极显著降低，IL-6 mRNA 和 IL-1β mRNA 表达水平极显著升高，病毒的拷贝数在24h和48h时显著下降，在72h时极显著下降。 3. RNA-seq 及测序数据分析结果显示：共鉴定到12个上调基因和14个下调基因；基因表达谱表明siSTING-2 组与 NC 组的基因表达模式有较大差异，能聚为明显的两类；共得到269个GO条目和涉及28条通路，选取差异显著性水平最高的前20个Term和富集最显著的前20条 KEGG 通路分别绘制气泡图，其中DEGs 富集到与 JAK-STAT 信号通路相关的STAT 蛋白酪氨酸磷酸化 GO条目，从而增强细胞的抗病毒反应。 本试验通过对 STING 基因进行生物信息学分析，以此为设计并筛选出沉默效果最好的 siRNA 序列siSTING-2，转染该序列后PCV2 的复制速度减慢，经转录组测序筛选出差异表达基因用于 GO 功能及 KEGG 通路富集分析，发掘与之相互作用的潜在基因和存在调控 PCV2 复制的潜在代谢通路，为PCVAD 的基因治疗制剂及方法研究提供科学依据，防控PCV2的发生。 |
| 并列题名： | Targeted silencing of STING genes for studies of PCV2 replication in PK-15 cells eng |
| 题名主题： | 猪圆环病毒2型 STING基因 沉默 抗病毒感染 学位论文 |
| 中图分类： | S858.28-533 |
| 个人名称等同： | 张敬寒 著 |
| 个人名称次要： | 张以芳 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240604 |