书目详细信息
： 基于ATAC-seq筛选影响丽江猪肌肉生长的关键转录因子
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 基于ATAC-seq筛选影响丽江猪肌肉生长的关键转录因子/.张宇著/.董新星， 王莉兴指导 |
| 出版发行项： | 2023.06.20 |
| 载体形态项： | 58页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物科学技术学院, 学号2021240388 |
| 提要文摘： | 丽江猪是云南省特有的肉脂兼用型优良地方品种，在相同饲养管理条件下，其种群内存在大小体型自然分离群体，为揭示该现象形成的分子调控机制，本研究以大小体型丽江猪个体为试验材料，对其6月龄时的背最长肌组织进行ATAC-seq测序，并在此基础上结合前期获得的转录组结果，比较分析以筛选影响丽江猪肌肉生长的关键转录因子，本研究的主要结果如下： （1）分别在小体型丽江猪（LJS）和大体型丽江猪（LJL）的背最长肌组织中检测到了10,032个和9,766个组内一致性开放染色质区域（OCRs）；其中LJS组特有OCRs为2,895个，LJL组特有OCRs为2,629个，组间共有OCRs为7,137个。 （2）各组特有OCRs在基因组特征区域上的分布模式高度相似，启动子区域、内含子区域和基因间区域是丽江猪背最长肌组织中染色质开放性最为活跃的区域；有2,566个基因可能受LJS组特有OCRs的调控，这些基因主要富集在皮质肌动蛋白细胞骨架组织、钙信号通路、甲状腺激素信号通路等生物学过程中；有2,360个基因可能受LJL组特有OCRs的调控，这些基因主要富集在肌动蛋白细胞骨架组织、胰岛素信号通路、FoxO信号通路、mTOR信号通路等生物学过程中。 （3）在LJS组和LJL组的特有OCRs中分别富集到了389个和387个已知转录因子，其中355个在两组中共有；MEF2和KLF/SP转录因子家族成员更倾向于同两组特有OCRs相结合。 （4）ATAC-seq和RNA-seq的联合分析得到了112个和113个可能受LJS组和LJL组特有OCRs调控的差异表达基因（DEGs），这些DEGs的OCRs上存在MEF2A、MEF2C、CTCF和PATZ1等转录因子结合位点基序的大量富集；转录因子足迹分析验证了MEF2A和MEF2C的结合活性，进一步的转录因子-靶基因调控网络分析预测了PLEKHM3、JUNB、USP2、IER5、DGKζ等41个MEF2A和MEF2C的潜在靶基因。 综上，本研究借助ATAC-seq测序技术，首次得到了大小体型丽江猪骨骼肌组织的全基因组染色质可及性图谱，初步筛选出了影响丽江猪肌肉生长的关键转录因子，研究结果为基于分子遗传手段的丽江猪育种工作提供了新的理论依据。 |
| 并列题名： | Screening of key transcription factors affecting muscle growth in Lijiang pigs based on ATAC-seq eng |
| 题名主题： | 丽江猪 ATAC-seq 肌肉生长 转录因子 学位论文 |
| 中图分类： | S828.89-533 |
| 个人名称等同： | 张宇 著 |
| 个人名称次要： | 董新星 指导 |
| 个人名称次要： | 王莉兴 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240301 |