书目详细信息
： 基于全基因组重测序对保山猪长纯合片段（ROH）的研究
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 基于全基因组重测序对保山猪长纯合片段（ROH）的研究/.李文君著/.赵桂英， 龚绍荣指导 |
| 出版发行项： | 2023.06.05 |
| 载体形态项： | 97页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物科学技术学院, 学号2021240389 |
| 提要文摘： | 为准确评估保山猪群体近交水平，从保山猪基因组纯合区域中筛选出调控其优良性状的候选基因，深入了解候选基因的结构和功能，以揭示调控保山猪优良性状基因的分子机制。本研究选取12头保山猪进行全基因组重测序，统计保山猪ROH的长度、数量和分布，通过系谱和ROH两种方式计算近交系数，评估保山猪的近交水平，捕捉ROH岛，对岛内的基因进行GO和KEGG富集分析、QTLs位点映射，选择与经济性状紧密相关的关键基因进行SNP的筛选和生物信息学分析，结果如下： （1）保山猪全基因组重测序得到22,633,391个SNP，质控后从532,450个SNP中共检测到254个ROH，中等长度的ROH（1~5 Mb）数量最多（98.43%），长ROH（>5 Mb）数量最少（1.57%），表明保山猪近交主要发生在远世代，根据ROH总长度计算的FROH为0.0178，系谱计算的FPED为0.0268，两者间呈正相关关系，综合评估保山猪现有群体的近交水平较低； （2）保山猪基因组中共鉴定到40个ROH岛，包含505个基因，1073个QTLs位点，通过GO和KEGG分析得到显著富集的基因，基因的功能与QTLs检索的性状多与繁殖、生长、肉质等性能相关，从中筛选到19个可能与保山猪生长发育（IGFALS、MC3R、PTN）、骨骼发育（COL1A2、DLX5、DKK1、WNT2）、脂肪沉积（ACSM3、ECI1、CD36、 KLF6）、肉质性状（ROCK1、CACNA2D1）、繁殖性状（NPW、TSHR、AHR 、BMP7）、疾病（MBL2、CAV1）等相关的候选基因； （3）在19个候选基因中筛选与脂肪沉积相关的CD36基因和与繁殖性能相关的BMP7基因进行生物信息学分析，结果表明保山猪CD36基因有2个错义突变和2个同义突变，BMP7基因有5个同义突变，同义突变不改变氨基酸序列，错义突变未引起蛋白质结构和功能的改变，两个候选基因调控保山猪脂肪沉积及繁殖性能的具体生物学功能有待进一步研究。 本研究通过ROH长度和数量统计、近交系数计算得出保山猪近交水平低，在保山猪基因纯合区域筛选出多个与繁殖、生长和肉质等性能相关的候选基因，可为保山猪的保种、选配、群体近交控制、育种计划的制定提供参考依据，对保山猪的保护具有重要意义。 |
| 并列题名： | Study on the Runs of Homozygosity（ROH）of Baoshan Pigs based on Whole Genome Resequencing eng |
| 题名主题： | 保山猪 全基因组重测序 近交系数 候选基因 生物信息学分析 学位论文 |
| 中图分类： | S828-533 |
| 个人名称等同： | 李文君 著 |
| 个人名称次要： | 赵桂英 指导 |
| 个人名称次要： | 龚绍荣 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240301 |