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： 牛海拔适应的基因位点发掘与液相芯片创制
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 牛海拔适应的基因位点发掘与液相芯片创制/.展亚楠著/.苟潇指导 |
| 出版发行项： | 2023.5.25 |
| 载体形态项： | 67页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物科学技术学院, 学号2020210344 |
| 提要文摘： | 西藏黄牛改良始于上世纪80年代，目前西藏改良奶牛（荷斯坦♂×西藏牛♀）级进杂交已进行到F3代以上，随着改良代次增加，其高原适应性明显降低，死亡率达20%左右，产奶量仅2300多公斤。因此，目前必须开展改良群体的横交固定和世代选育，保留西藏牛高原适应的优良血统。本研究拟通过连续海拔黄牛的群体基因组学分析，挖掘藏黄牛高原适应位点，并创制低成本高通量基因分型液相芯片，为高原耐受个体的快速精准选育提供分子手段。研究结果如下： 首先，本研究选择500 m（盈江、大麦地）、1500 m（腾冲）、2500 m（丽江）、3000 m（迪庆）黄牛及3500 m（工布江达）黄牛5个海拔梯度黄牛为研究对象，通过FST（3500-500 m）、MEMEA和BayPass 三种分析方法进行群体基因组学分析，筛选到海拔关联位点10108个。使用黄牛参考基因组ARS-UCD1.2对筛选到的位点进行注释及富集分析，富集到38个KEGG显著通路，436个相关通路基因，其中PIK3R5、VASP、EFNA5、NFATC4、CREB3、SPP1、CAMK2B和LAMP3 8个基因与低氧显著相关。 其次，本研究基于筛选到的10108个海拔关联位点，结合动物QTL数据库以及奶牛芯片制作必需的填充位点，创制了一款基于靶向捕获测序的奶牛低氧功能液相芯片（10K，彦星1号）。该芯片包括低氧相关功能位点10108个，奶牛芯片填充位点3552个，两者核对去重后共11637个位点。 最后，本研究利用该芯片对1551头西藏改良牛进行基因分型，过滤后共检测到10138个高质量SNPs，目标SNPs平均捕获效率相对较高，为87.12%，目标SNPs平均测序深度5×。同时，结合西藏改良牛血液生理指标进行GWAS分析，结果发现与HIF及相关通路有关基因CRTC3、GADD45A和MZF1，未筛选到与血液生理表型明显相关的基因。研究结果表明芯片的海拔关联位点与造血功能关联显著性不大，需要扩大心、肺等适应性指标进一步研究。 综上，本研究通过连续海拔黄牛的群体基因组分析，筛选到海拔关联基因和位点，并基于这些位点创制了一款牛低氧功能液相芯片（10K），该芯片具有分型准确、成本廉价、功能位点丰富的优点，利用该芯片开展西藏改良牛血液生理指标GWAS研究案例，结果证明了该芯片的可靠性。该芯片可直接用于高原改良奶牛的横交固定和世代选育。 |
| 并列题名： | Discovery of gene loci and development of liquid chip for altitude adaptation in cattle |
| 题名主题： | 低氧适应 液相芯片 靶向捕获 西藏改良牛 GWAS 学位论文 |
| 中图分类： | S823-533 |
| 个人名称等同： | 展亚楠 著 |
| 个人名称次要： | 苟潇 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240301 |