书目详细信息
： 基于全基因组重测序挖掘丽江猪胸椎数关键基因
书目信息 机读格式(MARC)
| ISBN/价格： | CNY20.00 (估\呈缴)学位论文 |
|---|---|
| 作品语种： | chi |
| 出版国别： | CN 530000 |
| 题名责任者项： | 基于全基因组重测序挖掘丽江猪胸椎数关键基因/.金思琪著/.董新星指导 |
| 出版发行项： | 2023.6.9 |
| 载体形态项： | 111页:;+图表:;+30cm |
| 一般附注： | 动物科学技术学院, 学号2020210359 |
| 提要文摘： | 丽江猪是2015年通过国家鉴定的猪种资源，群体胸椎数存在变异，部分个体胸椎数有15个及以上。然而，造成丽江猪胸椎数差异的原因有待探究。本研究以存在胸椎数差异的44头丽江猪为材料进行全基因组重测序，包括27头胸椎数≥15个的丽江猪和17头胸椎数≤13个的丽江猪，并通过基因组学、生物信息学挖掘影响胸椎数的基因。主要研究结果如下： （1）对44头丽江猪进行全基因组重测序，检测到40,343,967个SNP和7,851,569个Indel。经基因注释，17150个错义突变基因，4798个移码突变基因，NR6A1、PROX2、FOS、VRTN、LTBP2、VSX2、GREB1L、MIB1、ABCD4、TGFβ3等基因与猪胸椎数相关。对错义突变基因、移码突变基因分别进行GO和KEGG注释，这些基因主要富集在钙信号通路、Wnt信号通路、Notch信号通路等通路。 （2）以Fst 与PI ratio结合分析丽江猪全基因组信号，共检测到4556个受选择区域，筛选到902个基因。在多胸椎的丽江猪中，有2095个受选择区域共注释到470个基因，与胸椎数相关的基因有TCF7、CER1等；在少胸椎的丽江猪中，有2461个受选择区域注释到432个基因，与胸椎数相关的基因有LTBP2、SYNDIG1L等，这些基因显著富集到Notch信号通路、Wnt信号通路、钙信号通路、破骨细胞分化等。 （3）GWAS分析共发现879个基因。后根据文献及功能富集筛选，共有32个候选基因。候选基因蛋白互作显示，AKT3、FOS、PROX2、SMURF1、GRIN2B、VSX2、LTBP2、NUMB 蛋白处于核心位置。VRTN、VSX2、LTBP2、PROX2、FOS、 SYNDIG1L、ABCD4可能与丽江猪胸椎数密切相关，将其作为候选基因，而AKT3、SMURF1、GRIN2B、NUMB、 BMP6是丽江猪胸椎数的潜在候选基因。全基因组信号扫描与GWAS共同富集的基因有80个，LTBP2、NUMB、SYNDIG1L、EDIL3、MAML2、PKDCC等候选基因可能与不同胸椎数变化存在潜在的相关性。 （4）基因交流结果显示，欧洲商品猪与丽江猪存在基因交流，位于丽江猪7号染色体和10号染色体存在欧洲商品猪的渗入，渗入区域包括LTBP2、VRTN等与胸椎相关的基因。 本文基于丽江猪极端群体的重测序数据，通过选择信号、全基因组关联、群体遗传、基因流分析的方法，共筛选到了43个与胸椎数相关的基因，NR6A1、PROX2、FOS、VRTN、LTBP2等11个基因最可能与丽江猪胸椎数密切相关， 而SMURF1、NUMB、EDIL3、PKDCC等32个基因可能影响丽江猪不同胸椎数变化。综上，本研究为后续挖掘和解析影响丽江猪胸椎数提供了基础，也对丽江猪保护、改良提供依据。 |
| 并列题名： | Mining key genes in the number of thoracic vertebrae of Lijiang Pigs based on whole genome resequencing |
| 题名主题： | 丽江猪 胸椎数 全基因组选择信号 全基因组关联分析 学位论文 |
| 中图分类： | S828-533 |
| 个人名称等同： | 金思琪 著 |
| 个人名称次要： | 董新星 指导 |
| 团体名称等同： | 云南农业大学 授予 |
| 记录来源： | CN YNAUL 20240301 |